La historia esta protagonizada por Kaito Kuroba, un estudiante de instituto y aficionado a la magia, cuyo padre murió en circunstancias misteriosas ocho años antes. Ahora, Kaito es consciente de la verdadera identidad de su padre: Un famoso criminal internacional conocido frecuentemente por la policía japonesa como "Ladrón Fantasma". Un día, Kaito descubre que su padre no murió en un accidente como le habían hecho creer, sino que fue asesinado por una organización a la que se negó a ayudar para conseguir la Gema de Pandora, una piedra mística que se dice que derramará una "“lágrima" cuando un cierto cometa pase cerca de la Tierra y quien beba de esa lágrima, conseguirá la juventud eterna. Kaito jura que impedirá que la organización que mato a su padre consiga acceso a la inmortalidad y asume el rol de Kaito Kid para poder encontrar la gema.